В настоящее время доля НК ЮКОС в уставных капиталах ОАО "Юганскнефтегаз", ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Томскнефть" (совместно с Восточной нефтяной компанией), ОАО "Куйбышевский НПЗ", ОАО "Новокуйбышевский НПЗ" и ОАО "Сызранский НПЗ" вплотную приблизилась к 100%. Компания контролирует от 75% до 98% акций ОАО "Белгороднефтепродукт", ОАО "Брянскнефтепродукт", ОАО "Воронежнефтепродукт", ОАО "Липецкнефтепродукт", ОАО "Орелнефтепродукт", ОАО "Пензанефтепродукт", ОАО "Самаранефтепродукт", ОАО "Ставропольнефтепродукт", ОАО "Тамбовнефтепродукт", ОАО "Ульяновскнефтепродукт", а также ОАО "Томскнефтепродукт", ОАО "Хакаснефтепродукт" и ОАО "Ачинский НПЗ" (совместно с Восточной нефтяной